Film
Film rozpoczyna się animowaną sekwencją, udającą film zatytułowany "Najmniejszy elf", w której tytułowy elf śpiewa i tańczy w słonecznym lesie, pośród swoich przyjaciół i radosnych zwierząt. Sekwencja zostaje jednak szybko przerwana przez głos narratora, Lemony’ego Snicketa (Jude Law), który informuje widza, że to nie jest film, który będzie oglądać, ale jeszcze nie jest za późno, by to zmienić.
Właściwa akcja filmu rozpoczyna się na plaży, na której czternastoletnia Wioletka (Emily Browning), dwunastoletni Klaus (Liam Aiken) oraz będące niemowlęciem Słoneczko (Kara i Shelby Hoffman) Baudelaire - miłe, grzeczne, inteligentne dzieci - dowiadują się od pana Poe (Timothy Spall), że straciły w pożarze rodziców i dom, a pan Poe został przedstawicielem ich interesów. Według testamentu zostawionego przez ich rodziców, rodzeństwo ma zostać oddane pod opiekę ich najbliższemu krewnemu. Baudelaire’owie trafiają więc pod opiekę Hrabiego Olafa (Jim Carrey), który jest dalekim krewnym, jednakże najbliższym w sensie geograficznym. Niestety, okazuje się, że nie obchodzi go dobro dzieci, a jedynie ich majątek. Wykorzystuje sieroty do przerastających ich możliwości prac domowych, przydziela im jeden pokój z zepsutym łóżkiem, traktuje okrutnie i bezdusznie, a w końcu, kiedy sędzia oficjalnie przyznaje mu opiekę, próbuje je zabić, pozorując wypadek samochodowy. Na szczęście Wioletka, Klaus i Słoneczko znajdują sposób, aby się uratować, a pan Poe (nie rozumiejąc do końca, co zaszło, uznawszy, że Hrabia Olaf niezwykle nieodpowiedzialnie pozwolił Słoneczku kierować samochodem) zabiera dzieci do innego opiekuna. Olaf na pożegnanie wyznaje sierotom, że znajdzie je, gdziekolwiek by się nie udały i zdobędzie ich majątek. Nowym opiekunem zostaje doktor Montgomery Montgomery, herpetolog (Billy Connolly). Chociaż wszechobecność niebezpiecznych gadów przeraża na początku tak pana Poe, jak i nauczone doświadczeniem dzieci, doktor Montgomery (każący nazywać się po prostu wujciem Montym) okazuje się być dobrym, odpowiedzialnym opiekunem, a sieroty po raz pierwszy od śmierci rodziców, doświadczają rodzinnego szczęścia i spokoju. Klaus zwraca uwagę na złotą lunetę wujcia Monty’ego, taką samą, jaką znalazł w szufladzie swojego ojca w ich spalonym domu, jednak wujcio Monty nie chce ciągnąć tego tematu i oznajmia tylko, żeby dzieci poszły spać, gdyż następnego dnia wyjeżdżają do Peru badać nowe gady.
Sielanka nie trwała długo, gdyż dzień po przyjeździe Baudelaire’ów, do drzwi puka nowy asystent wujcia Monty’ego, przedstawiający się jako Stefano, w którym jednak dzieci rozpoznają bez trudu Hrabiego Olafa. Pomimo prób ostrzeżenia swojego opiekuna, doktor Montgomery uznaje, że Stefano jest szpiegiem z Towarzystwa Herpetologów wysłanym, by wykraść wyniki jego badań. Omyłkę tę przypłaca życiem - pada pierwsza śmiertelną ofiarą Olafa, który pozoruje ukąszenie Niewiarygodnie Jadowitej Żmii (w rzeczywistości będącej najłagodniejszym wężem w kolekcji wujcia Monty’ego). Dzieci ponownie go demaskują pozwalając Żmii ukąsić Słoneczko, aby zademonstrować łagodność gada. Sprawiedliwości mimo to nie staje się zadość - Hrabia Olaf wraz ze swoim pomocnikiem ucieka, a pan Poe nabrawszy się na jego przebranie, wysyła list gończy za Stefano. Dzieci trafiają pod opiekę ciotki Józefiny Anwhistle (Meryl Streep), miłośniczki gramatyki, mieszkającej w niebezpiecznie chylącym się ku przepaści domu nad Jeziorem Łzawym. Ciotka okazuje się być ogromnie strachliwą osobą: nie używa klamek, żeby nie rozpadły jej się pod ręką i ich fragment nie zniszczył jej oczu; nie używa piecyka, żeby nie wywołać pożaru; boi się otwierać lodówkę, żeby jej nie przygniotła. Nawet agenci nieruchomości ją przerażają. Jak mówi potem sierotom, nie zawsze taka była, jednakże odkąd pijawki łzawe (żyjące w Jeziorze Łzawym, wyposażone w bardzo ostre zęby stworzenia, które wyczują każde pożywienie i pochłoną je bardzo szybko, dlatego ważne jest odczekanie godziny po posiłku przed wejściem do wody) pożarły jej męża, boi się niemal wszystkiego. Jej lęki i upodobanie do poprawiania gramatycznych błędów są dla rodzeństwa uciążliwe, jednak sieroty nie skarżą się, ciesząc się z własnego bezpieczeństwa. Ponadto przy przeglądaniu jej albumu z fotografiami, znajdują zdjęcie przedstawiające wielu ludzi, w tym ciotkę Józefinę, jej męża, państwo Baudelaire i wujcia Monty’ego, a wszyscy mają znane już rodzeństwu złote lunety. Józefina peszy się, zabierając Baudelaire’om album, stwierdzając, że nie lubi tego zdjęcia, bo źle na nim wyszła. Wkrótce sieroty mają większe problemy niż tajemnicze lunety, gdyż podczas zakupów z ciotką natykają się na Hrabiego Olafa, tym razem przebranego za kapitana pobliskiego Doku Damoklesa, który stracił nogę z powodu pijawek łzawych, przedstawiającego się jako Kapitan Szlam (w wersji z lektorem Kapitan Przekręt). Oczarowuje on Józefinę, która od razu zaprasza go na wspólny obiad i zostaje z nim sam na sam, odsyłając dzieci na dalsze zakupy. Wszystkie niepokoje Baudelaire’ów spełniają się, kiedy po powrocie do domu znajdują list samobójczy ciotki Józefiny, w którym przekazuje opiekę nad nimi Kapitanowi Szlamowi oraz wybite szyby sugerujące, że Józefina skoczyła z klifu, na którym znajduje się dom, do jeziora. Klaus jednak zwraca uwagę na ilość błędów w liście zgadując, że jest to zaszyfrowana wiadomość do nich, zdradzająca, że Józefina żyje i ukrywa się w jaskini po drugiej stronie Jeziora Łzawego. Pomimo tego dzieci nie mogły od razu udać się na ratunek, gdyż huragan Herman zaczyna niszczyć dom. Wszystkie lęki ciotki Józefiny zaczynają się ziszczać, a w harmiderze Klaus odkrywa ukryty pokój męża ciotki Józefiny, pełen wycinków prasowych dotyczących WZS (Wolontariatu Zapalonych Strażaków). Dzięki ich sprytowi, Wioletka, Klaus i Słoneczko wydostają się w końcu z pułapki i docierają do ciotki, która proponuje im prowadzenie dalszego, bezpiecznego życia w jaskini. Sierotom pomysł ten wydaje się absurdalny i przekonują ją do wyjścia tłumacząc, że jaskinia jest wystawiona na sprzedaż, więc z pewnością będzie ją odwiedzać wielu agentów nieruchomości. Niestety, Józefina przed przybyciem dzieci zjadła banana, więc podczas przeprawy przez jezioro całą czwórkę atakują pijawki łzawe. Sytuacja wydaje się beznadziejna, kiedy nadchodzi pomoc - Hrabia Olaf, który zabiera Baudelaire’ów na pokład swojej łodzi, ale Józefinę pozostawia na pożarcie pijawek.
Po dotarciu na stały ląd Olaf i dzieci spotykają pana Poe, który uznaje, że mylnie ocenił Hrabiego i z powrotem przyznaje mu opiekę nad dziećmi.
W swoim domu Hrabia Olaf przygotowuje plan, który ma mu zapewnić zdobycie majątku Baudelaire’ów - chce wystawić sztukę, w której Wioletka wyjdzie za niego za mąż. Użyje jednak prawdziwego dokumentu, podpisanego w obecności nieświadomej niczego prawdziwej sędziny, jego sąsiadki, Sędzi Strauss. Aby zapewnić sobie posłuszeństwo Wioletki porywa Słoneczko, zamyka w klatce i wywiesza przez okno w wieży swojego domu gotów zdalnie zrzucić niemowlę na ziemię, gdyby Wioletka oponowała. Chociaż dziewczyna nie widzi wyjścia z sytuacji, Klaus nie ma zamiaru się poddać. Dostaje się na wieżę, ratuje Słoneczko i odkrywa wielkie szkło powiększające, skierowane w stronę ruin ich rodzinnego domu, będące przyczyną wybuchnięcia pożaru w domu Baudelaire’ów. Tymczasem Wioletka podpisuje akt ślubu, a Olaf ogłasza zebranej publiczności, że sztuka była fałszywa, w przeciwieństwie do zawartego małżeństwa. Wybucha zamieszanie, z triumfującym Olafem w centrum, wymachującym dokumentem, który nagle zaczyna płonąc. Okazuje się, że to zasługa Klausa, który wykorzystał znalezione na wieży szkło powiększające. Zdemaskowany Olaf zostaje skazany na pokonanie tych samych niebezpieczeństw, na które naraził dzieci, wydaje się więc, że zakończenie jest szczęśliwe, jednak podczas gdy dzieci odjeżdżają ze swoim nowym opiekunem, Lemony Snicket informuje widza, że Olafowi udało się ponownie uciec.


Różnice wzgędem powieści

Film oparty został o fabułę trzech pierwszych tomów Serii niefortunnych zdarzeń: Przykrego początku, Gabinetu gadów i Ogromnego okna. Wymusiło to na scenarzystach poczynienie znaczących zmian w scenariuszu. O ile Gabinet gadów i Ogromne okno odwzorowane są raczej wiernie, zmieniony został Przykry początek. Aby połączyć trzy tomy, Przykry początek rozbity został na dwie części - przed Cudownym ślubem i samo przedstawienie. W powieści Hrabia Olaf bezpowrotnie traci prawa do opieki nad dziećmi po nieudanej próbie poślubienia Wioletki, zaś w filmie wprowadzono wątek próby morderstwa dzieci poprzez pozostawienie ich w zamkniętym samochodzie, pozostawionym na torach. Olaf nie traci praw z powodu swojej chciwości - pan Poe uznaje to jedynie za lekkomyślność - dzięki czemu później udaje mu się odzyskać prawa do opieki. Inaczej również rozwiązano kwestię unieważnienia małżeństwa - w powieści Wioletka składa podpis lewą ręką, dzięki czemu podpis nie jest własnoręczny i małżeństwo nie jest ważne, podczas gdy w filmie próbuje to zrobić, jednak Olaf zauważa jej podstęp i każe jej podpisać się prawą ręką, a małżeństwo unieważnia Klaus, spalając akt ślubu. Do filmu wprowadzono również wątek WZS, nieobecny w pierwszych trzech tomach serii. Członkami organizacji byli rodzice Baudelaire’ów, wujcio Monty, ciotka Józefina wraz ze swoim mężem i sam Lemony Snicket. Aby wprowadzić ten wątek i połączyć ze sobą członków organizacji, twórcy filmu wprowadzili nieobecne w serii złote lunety oraz wykorzystali charakterystyczne oko w innym jednak kształcie niż w książce. Zakończenie filmu również odbiega od konwencji, w której utrzymane są powieść. W każdym z tomów Olaf w końcu uchodzi sprawiedliwości, aby dalej ścigać Baudelaire’ów, jednakże w filmie, po zdemaskowaniu jego planów podczas wystawiania Cudownego ślubu, zostaje aresztowany i skazany. Więcej, film pokazuje wręcz wykonanie wyroku i wyraźne zadośćuczynienie win, co jest poważnym naruszeniem zasady braku happy endu, pomimo późniejszej wzmianki o ucieczce Olafa z więzienia. Najmniejszy elf, bohater animowanej sekwencji rozpoczynającej film, to również bohater wspomnianej w Nieautoryzowanej Autobiografii fikcyjnej książki, autorstwa Monty’ego Kensickle (nazwisko jest anagramem nazwiska Lemony Snicket).