Podczas wakacji Harry'ego i Dudleya atakują dementorzy. Potter używa wobec nich zaklęcia Patronusa, przez co prawie zostaje wyrzucony ze szkoły. Następnej nocy do domu Dursleyów przylatują członkowie Zakonu Feniksa, tajnej organizacji walczącej z Voldemortem, i zabierają Harry'ego do domu Syriusza. Ministerstwo Magii zaprzecza powrotowi Czarnego Pana, więc Zakon musi działać na dwa fronty. Harry, Ron i Hermiona odkrywają, iż Voldemort poszukuje tajemniczej "broni", która miałaby mu pomóc w zabiciu chłopca. Rozpoczyna się nowy rok w Hogwarcie, nowym nauczycielem obrony przed czarną magią zostaje Dolores Umbridge, starszy podsekretarz ministra Knota. Na lekcjach, zgodnie z wytycznymi Ministerstwa, uczy ona wyłącznie teorii. Harry organizuje ruch oporu, zakładając Gwardię Dumbledore'a, której członkowie pod jego okiem samodzielnie uczą się zaklęć obronnych. Harry zauważa jednak, iż stosunek dyrektora do niego zmienił się. Dumbledore unika jego obecności, a nawet jego spojrzenia. Harry zaczyna także spotykać się z Krukonką, Cho Chang. Od czasu powrotu Lorda Voldemorta bohatera dręczą straszne wizje. Aby je powstrzymać, Dumbledore organizuje Harry'emu lekcje oklumencji z Severusem Snapem. W międzyczasie Umbridge zostaje mianowana Wielkim Inkwizytorem Hogwartu, a po zdemaskowaniu Gwardii Dumbledore'a zostaje dyrektorem szkoły. Podczas zdawania suma z Historii Magii Harry ma wizję o Syriuszu torturowanym w podziemiach Ministerstwa. Wraz z Ronem, Hermioną, Ginny, Nevillem i Luną lecą do Londynu, by go uratować. Na miejscu okazuje się iż była to zasadzka śmierciożerców, którzy ścigają przyjaciół po Departamencie Tajemnic. Harry odkrywa tam przepowiednię dotyczącą jego i Lorda Voldemorta, lecz zostaje ona zniszczona. Po pewnym czasie zjawiają się członkowie Zakonu Feniksa i rozpoczyna się walka ze śmierciożercami. Syriusz ginie z rąk Bellatriks Lestrange. Harry, ścigając ją, natrafia na Voldemorta, lecz zjawia się Dumbledore i ratuje chłopca. Voldemort ucieka, lecz całe ministerstwo dowiaduje się o jego powrocie.